Libro I

Juno, sabedora del destino de gloria que les viene a los troyanos – quienes fundarían el Imperio Romano-, intenta impedir que lleguen a Italia. Para ello pide a Eolo que con sus vientos, les haga naufragar. A cambio le ofrece una ninfa por esposa. Éste acepta y los troyanos terminan dispersándose en el mar. Neptuno percibe lo que Eolo ha hecho, y se siente injuriado, pues el océano es su imperio. Entonces ayuda a los troyanos a llegar a las playas de Libia, pero no llegan todos juntos, sino en dos grupos.

Mientras tanto Venus, madre de Eneas, interviene presentándose bajo la figura de una virgen espartana y les informa de que las tierras donde están son de la reina Dido. Su esposo Siqueo había sido asesinado por su hermano Pigmalión y entonces ella huyó y formó una ciudad en esas tierras que compró.

Eneas se dirige a la ciudad y cuando llega ve a los compañeros que había perdido que también llegaron a pedir hospitalidad a Dido y que les ayude a buscar a su caudillo Eneas. Entonces éste se presenta y la reina Dido los acoge. Venus, buscando que Dido trate bien a Eneas, pide a su hijo Cupido que reemplace aAscanio y produzca en Dido amor por Eneas. Éste accede. En la reunión, Dido pide a Eneas que cuente sus desgracias.

Libro II

Los libros II y III son relatos dentro del relato. Eneas, a petición de Dido, cuenta la caída y el saqueo de Troya (libro II) y las tribulaciones por él mismo sufridas desde ese evento (libro III).

El relato de la toma de Troya se abre con el episodio del caballo: Ulises, junto con otros soldados griegos, se oculta en un caballo de madera "alto como un monte" (instar montis equum) mientras que el resto de las tropas griegas se oculta en la isla de Ténedos, frente a Troya. Los troyanos, ignorando el engaño, entienden que los griegos han huido y hacen entrar el caballo en su ciudad. Piensan que se trata de una ofrenda a los dioses, a pesar de las advertencias de Laocoonte, que es asesinado por dos monstruos marinos junto a sus dos hijos. Llegada la noche, Ulises y sus hombres salen del caballo, abren las puertas de la ciudad y someten a Troya al fuego y el terror. En el momento del asalto, Eneas, dormido, ve a Héctor, que en sus sueños le anuncia el fin de Troya y le ordena salvar a los penates y huir.

Los ruidos del combate terminan por despertar a Eneas, que viendo a su ciudad en llamas y librada a manos de los griegos, decide al principio luchar hasta morir, junto con sus compañeros. Visita el palacio de Príamo y contempla la muerte del hijo de éste, Polites, en manos de Pirro, que luego decapita al rey de Troya. En medio del caos ve a Helena y se dispone lleno de ira a castigar a la culpable de la guerra. Venus, su madre, se le aparece y lo conmina a contenerse: los verdaderos culpables son los dioses, no Helena. Lo insta luego a buscar a los dioses Penates y a su familia, para huir de Troya. Eneas busca a su padre Anquises y a su hijo Julo. Anquises se rehúsa inicialmente a partir, hasta que un presagio divino lo convence. Parten entonces de la ciudad en llamas. Habiendo perdido de vista a su mujer, Creúsa, regresa a Troya. Finalmente, tras encontrar a la aparición de Creúsa, vuelve con los suyos a las afueras de Troya, donde prepara lo necesario para la partida.

Libro III

Eneas huye con los suyos primero hacia la ciudad de los Tracios, que eran sus amigos. Sin embargo, el alma de Polidoro les dice que el Rey de Tracia estaba a favor de los griegos. Se dirigen entonces donde el rey Anio. Allí escuchan de los oráculos de Apolo que han de fundar una nueva ciudad donde vivieron sus ascendientes. Anquises piensa que se refiere a Creta, donde nació su ascendiente Jove, y allí se dirigen. Allí fundan la ciudad de Pérgamo.

Sobrevino una peste y Anquises pide a Eneas que escuche nuevamente el oráculo de Apolo. Sin embargo, esto no fue necesario, pues en sueños se le dijo a Eneas que las tierras a las que se refería Apolo eran las de Italia o Lacio. Anquises recuerda que allí nació su ascendiente Dárdano y deciden viajar a esos lugares.

Se dirigen a las islas del mar Jónico. Allí tienen un encuentro con Celeno y otras arpías. Los troyanos comen de sus rebaños y entonces ellas les atacan. Ellos se defienden fieramente y por ello Celeno le vaticina que sufrirá hambre cuando llegue a Roma. Tras unos viajes, Eneas se entera que Heleno, hijo de Príamo, reinaba en una ciudad cercana – pues se había casado con la viuda de Pirro – y hacia allí se dirigen. Ven allí también a Andrómaca. Heleno le predice que llegará a Italia, pero para entrar en ella tendrá que sufrir un poco, pues allí habitaban griegos. Le dice que debe cuidarse también de Caribdis y Escila. Le aconseja que implore el numen de Juno y que escuche los oráculos de la Sibila.

Continuando su viaje, pasaron por el promontorio de Ceraunio y llegaron pronto a Italia. Se dirigen, sin embargo, a las costas de los cíclopes. Allí se encuentran con un griego, Aqueménides, que Ulises había abandonado quien les pide que lo lleven con él y les aconseja escapar pronto. Ya venían los cíclopes a atacarlos, pero no fueron alcanzados. Pasan por Ortigia y luego por el puerto de Drépano, donde llega la muerte a Anquises. Eneas termina su relato.

Libro IV

La Reina Dido, gracias a la acción de Cupido, se enamora de Eneas y esos sentimientos se los cuenta a su hermana Ana. Ella le recomienda dejar fluir ese amor, pero ella aún recuerda a su difunto esposo Siqueo. Cuando Juno se dio cuenta de todo ello, se alió con Venus para conseguir que Eneas se enamore también de ella. Su objetivo era que Eneas se quedara allí para siempre. Venus accede. Cuando Eneas y Dido salen de caza, hay una lluvia y ellos se esconden en la misma cueva y allí hacen el amor.

Llega esto a los oídos de Júpiter y, temiendo que Eneas detenga su viaje, envía a Mercurio para que le recuerde al troyano que su destino es fundar Roma. Ya Eneas estaba armando una gran ciudad con Dido y al recibir este mensaje no sabe cómo decírselo a Dido. Atina a mandar a Sergesto, Seresto y Mnesteo que preparen sigilosamente la escuadra. Dido se entera y enfrenta a Eneas. Éste se defiende hablando de su destino, pero ella no acepta esa excusa. Con todo, le permite irse.

Mercurio se le presenta nuevamente al troyano para que apure su partida. Eneas, entonces, parte inmediatamente con sus hombres. Dido, engañando a los suyos diciendo que hacía unas libaciones, se suicida.

Libro V

Se dirigen los troyanos a las tierras de su amigo Acestes. Éste los recibe bien. Se cumplía ya un año de la muerte de Anquises y entonces Eneas realizó sus funerales. Luego de ello, hubo juegos. Cloanto vence en navegación. En la carrera, Niso y Salio tropiezan y entonces vence Euríalo, pero los tres reciben premios. En la lucha nadie quiere enfrentarse Dares, hasta que el anciano Entelo accede a hacerlo y lo vence. En el tiro con arco vence Acestes. Luego Iulo hizo una representación de la guerra con sus amigos.

Juno envía a Iris a que promueva en las mujeres troyanas el deseo de no viajar más. Toma Iris la forma de la anciana Beroe y realiza lo encargado, iniciando el incendio de las naves. Descubren la divinidad del personaje, pero aún así continúan las mujeres con el incendio. Eumelo informa a Eneas, quien acude al lugar inmediatamente. Entonces ruega a Júpiter que lo ayude y éste detiene el incendio. Nautes le recomienda que permita que se queden en esa ciudad quienes ya no quieran viajar.

Eneas está aún indeciso, cuando en la noche se le aparece su padre Anquises y le recomienda que haga lo que Nautes dice y le pide que lo visite en el Averno. Para llegar debía visitar a Sibila y ofrecer sacrificios. Eneas comunica todo ello a sus hombres y apresuran la partida. Entretanto, Venus ruega a Neptuno que los troyanos ya no sufran males. Éste le promete que llegarán a las puertas del Averno sólo con un hombre menos. Precisamente, el Sueño hace que Palinuro, el piloto de la nave, caiga de la misma y muera.

Libro VI

Arriban a las playas de Cumas y visitan a Sibila en su caverna acompañados de la sacerdotisa Delfobe. Apolo se apodera de la Sibila y entonces Eneas le pide que permita que los troyanos se establezcan en el Lacio y les confíe sus oráculos. Le profetiza guerras a causa de una mujer, pero que saldrá victorioso. Luego Eneas le pide que le instruya cómo entrar en el infierno. La Sibila le dice que debe presentar cierto ramo y que, además, primero debe enterrar a un amigo suyo insepulto.

Eneas sale de la cueva y se entera de la muerte de Miseno. Realiza sus funerales. Venus entonces envía dos palomas para que lleven a Eneas al árbol que tiene aquel mágico ramo. Eneas lo toma y lo lleva a la cueva de la Sibila. Ella le instruye que se dirija a un bosque. Así llega el troyano al Averno y arriban al río del barquero Caronte, quien transporta las almas al otro mundo a través del mismo. Ve Eneas a Palinuro, quien le pide que busque su cuerpo en el puerto de Velia y lo sepulte, para que así pueda ir en el barco de Caronte. Eneas lo promete. Para poder subir al barco de Caronte, le presentan la rama mágica. Ven en el camino la cueva de Cerbero, los jueces de los muertos, los campos llorosos, etc. En eso, Eneas ve a Dido y le pide perdón, pero ella no responde. Ve también muchas almas de grandes guerreros de otros tiempos, como a Deífobo, quien se casó con Helena cuando Paris murió. Llegan a donde el camino se divide en dos: hacia el palacio de Plutón o hacia el Tártaro. Arriban a los bosques afortunados y buscan a Anquises.

Tras un nostálgico encuentro, Anquises le cuenta a Eneas que las almas buenas, después de mil años, se les borra la memoria y se les manda nuevamente a la tierra en otros cuerpos. Así le predice su gran linaje: su hijo Silvio – que nacería de su esposa Lavinia –, César, Camilo, Máximo, Serrano, Romano, Marcelo, etc. También le cuenta las guerras a las que está destinado sustentar y cómo resistir a ellas. Luego Eneas regresa donde sus amigos por una puerta de marfil del Sueño. En seguida se dirigen al puerto de Cayeta.